Przy bazylice mieści się założone w roku 1971 przez o. Kajetana Grudzińskiego (+1986) Muzeum Prowincji, które gromadzi przedmioty zabytkowe z utraconych po Drugiej Wojnie Światowej klasztorów wschodnich, a także z innych klasztorów Prowincji. Pomieszczenia poszerzone w ostatnich latach obejmują zbiory obrazów, rzeźb i wytworów rzemiosła artystycznego.
Muzeum Prowincji Ojców Bernardynów w Leżajsku stanowi integralną część znacznego kompleksu zabytkowego, w skład którego wchodzi wzniesiona w latach 1618-1628 bazylika i klasztor wraz z otoczeniem: basztami, dziedzińcami, murami obronnymi i lasami.
Muzeum mieści się w obrębie południowo-zachodniego pawilonu i części podpiwniczenia południowego skrzydła zabudowań klasztornych. Tworzą je pojedyncze sale znajdujące się na dwóch kondygnacjach położonych nad zakrystią bazyliki, które łączy ze sobą pomieszczenie dolnej strefy wieży zegarowej adaptowane na klatkę schodową. Powyższy ciąg komunikacyjny umożliwia ewakuację od drzwi wejściowych, znajdujących się obok zakrystii, do wejścia wiodącego na najwyższe piętro. Do pomieszczeń muzealnych należy także strych pawilonu, we wnętrzu którego znajduje się sala z widocznymi z elementami pierwotnej więźby dachowej. Z całością wspomnianego dotąd kompleksu pomieszczeń złączone są niewielkie sale ekspozycyjne, których I poziom jest nieco niższy w stosunku do wspomnianych pomieszczeń pierwszego i drugiego piętra. Do wnętrza tych sal prowadzą osobne wejścia ze schodami. Sale łączy jednolity ciąg krętych schodów, komunikujących drugie piętro – z hallem przed zakrystią.